La narración continúa desde Marvel's Spider-Man y su contenido descargable The City That Never Sleeps ("La Ciudad Que Nunca Duerme"), durante el cual Miles Morales es mordido por una araña genéticamente mejorada y obtiene poderes similares a los de Peter Parker. Un año después del primer juego y su DLC, Miles se ha integrado completamente en el traje negro y rojo como un experimentado Spider-Man mientras defiende a Nueva York de una guerra de pandillas entre una corporación energética y un ejército criminal de alta tecnología. El nuevo hogar de Miles en Harlem está en el corazón de la batalla. Parker le dice a Miles que tiene que ser como su difunto padre y caminar por el camino para convertirse en un héroe para la ciudad de Nueva York.
